Ma a római katolikus egyház két fő érvet mutat fel Johanna pápasága ellen: azt, hogy a korabeli dokumentumokban nem is említik őt, illetve, hogy túl kevés idő lett volna arra, hogy pápanő legyen az elődjének (IV. Leó) az uralkodásának a végétől az utódjának (III. Benedek) uralkodásának az elejéig. Ezek az érvek azonban nem zárnak ki minden kétséget. Nem kell azon csodálkozni, hogy ha Johanna pápanő nem is szerepel a római katolikus egyház korabeli dokumentumaiban, ha ugyanis a római egyház saját szavai alapján mindent megtett annak érdekében, hogy onnan eltüntesse. Az a tény, hogy a kilencedik században élt, ami a sötét középkornak a legsötétebb periódusa könnyűvé tette azt, hogy eltüntessék a pápaságát. A kilencedik században rengetegen írástudatlanak voltak, és nagyon kevés dokumentumot tartottak fenn. Manapság ennek a korszaknak a kutatása szórványos, részleges, ellentmondásos és megbízhatatlan dokumentumokra alapszik. Nincsenek udvari vagy földbirtokosi rekordok, vagy a mindennapokról szóló naplók. Egyetlen megkérdőjelezhető dokumentumon kívül, a Liber pontificalis (amit a kutatók propaganda iratnak neveznek), nincsen folyamatos leírása a kilencedik század pápáinak – kik voltak, mikor uralkodtak, vagy mit csináltak. A Liber pontificalis–on kívül aligha lehet említést olvasni Johanna utódjáról, III. Benedek pápáról – ő maga pedig nem volt célpontja egy ilyen irányú eltüntetési kampánynak. Johanna eltűnése a korabeli egyházi dokumentumokból teljesen várható.
A római egyházi vezetőség, akit nagyon is megrázta volna a félrevezetés, ami elérte őket bizonyára mindent megtettek volna annak érdekében, hogy eltüntessék ennek az arcpirító eseménynek minden nyomát. Bizonyára kötelességüknek érezték volna. Sőt maga Alcuin a nagy teológus az igazságot is meghamisította volna; egyik levelében bevallja, hogy megsemmisített III. Leó pápa paráznaságáról és sikkasztásáról szóló hírt. Az idő múlásával az igazság mégis feltűnik a köznépi hírek révén. És így is van, a későbbi századokban nagyon sok dokumentáció létezik Johanna pápaságát illetően. Frederick Spanheim, a tudós német történész, aki kimerítő tanulmányt írt erről a kérdésről nem kevesebb, mint 500 korabeli dokumentumra hivatkozik, amelyek Johanna pápaságára hivatkoznak, amelybe beletartoznak olyan szerzők művei, mint Petrarcha és Boccaccio.
