Létezik még egy bizonyos terhelő bizonyíték, amit nehéz lenne megmagyarázni, ha nem is létezett volna egyszer női pápa. Egy ilyen bizonyíték az úgynevezett szék vizsgálat, ami része volt a pápai felszentelési ceremóniának több mint hatszáz éven keresztül. Johanna pápanő után minden pápának rá kellett ülnie a sella stercoraria-ra (vagyis az „ürülék ülésre”), ami középen át volt lyuggatva, hogy ezzel az ivarszerveit megvizsgálják, hogy ezzel bizonyítsák a férfi voltát. Utána a vizsgáló komoly felhanggal az összegyűlteknek kijelentette: “Mas nobis nominus est” — “A jelöltünk férfi.” Csakis utána adták át a pápának Szent Péter kulcsait. Ez a gyakorlat egészen a tizenhatodik századik maradt fenn. Egy másik érdekes bizonyíték az „elhagyatott utca”. A Patriarchium, ami a pápa lakhelye és emellett katedrális (ami ma a Szent János Lateráni katedrális) Róma másik oldalán helyezkedik el a Szent Péter Bazilikához képest, így a pápai felvonulások gyakran a kettő közti úton haladtak volna. Róma városának gyors böngészése azt mutatja, hogy a Via Sacra (ma a Via S. Giovanni) a legrövidebb és leggyorsabb út a két helyiség között – így bizonyára évszázadokon keresztül használták is (innen a név „Via Sacra”, vagyis „szent út”). Ezen az utcán szülte meg Johanna pápanő a halvaszületett gyerekét. Hamarosan ezután a pápai vonulások más utat választottak, mint a Via Sacra. A római egyház második érvét illetően, miszerint nem volt elegendő idő IV. Leó és III. Beendek pápák uralkodásai között, hogy Johanna pápanő uralkodhatott volna szintén megkérdőjelezhető. A Liber pontificalis arról hírhedt, hogy mikor emelkedtek a pápák a trónra, illetve mikor haltak meg; sok dátumról tudják, hogy egyszerűen fikció. A korabeli történész erős motivációja miatt, hogy Johanna pápaságát eltüntessék könnyen elképzelhető, hogy IV. Leó halálát későbbre tették volna: nem 853, hanem 855 – re Johanna állítólagos kétéves pápaságán keresztül, hogy úgy tűnjön, hogy IV. Leó pápát rögtön felváltotta volna III. Benedek.
